土壤微生物最顯著的成效就是分解有機(jī)質(zhì)，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機(jī)肥料等，只有經(jīng)過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養(yǎng)元素，供作物利用，并形成腐殖質(zhì)，改善土壤的結(jié)構(gòu)和耕性。

然后，土壤微生物還可以分解礦物質(zhì)，土壤微生物的代謝產(chǎn)物能促進(jìn)土壤中難溶性物質(zhì)的溶解。例如磷細(xì)菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細(xì)菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質(zhì)肥料加工成作物可以吸收利用的形態(tài)。

氮?dú)庹伎諝饨M成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮?dú)廪D(zhuǎn)化為植物能夠利用的固定態(tài)氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當(dāng)于土壤有了自己的氮肥生產(chǎn)車間了。

在植物根系周圍生活的土壤微生物還可以調(diào)節(jié)植物生長，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質(zhì)元素的營養(yǎng)以及有機(jī)酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機(jī)營養(yǎng)，促進(jìn)植物的生長。土壤微生物與植物根部營養(yǎng)有密切關(guān)系。